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the following file has changes staged in the index

원인은 변경 내역을 커밋하기 전에 삭제하려 했기 때문인데, Git은 안전장치로 실수로 인해 데이터를 삭제하지 못하도록 해 두었기 때문입니다.
따라서 이때에는 git rm -f 명령을 통해 파일을 삭제해야 합니다.